ABSTRACT Introduction. The World Health Organization (WHO) recommends conducting nationally representative studies to estimate the prevalence of HIV pretreatment resistance to antiretrovirals (PDRs) to assess the effectiveness of first-line therapies. The objective of the present study was to determine the prevalence of PDR in Cuban adults infected with HIV-1. Methods. HIV resistance to antiretrovirals was determined in 610 Cuban patients in two time periods (469 patients between 2009-2016 and 141 patients during the national survey of HIV-1 PDR conducted during 2017, according to the recommendations issued by the WHO). Results and Discussion. In the period 2009-2016, 19% of the patients presented viruses with some mutation associated with the PDR of HIV-1 to antiretrovirals (10,4 % to some nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NRTI), 12,8 % to some non nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NNRTI), 2,8 % to some protease inhibitor (PI). In 2017, the prevalence of PDR was 29,8 % (95 %, CI 22,3-38.1). The prevalence was 10,6 % (95 %, IC 6,07-16,9) for some NRTI, 23,4 % (95 %, CI 16,7-31,3) for some NNRTI, and 1,4 % (95 %, CI 0,17-5,03) for some PI. It was concluded that the NNRTI prevalence above 10 % in our study indicates that the first-line antiretroviral therapy in Cuba may be less effective and supports the need to look for new treatment options.

RESUMEN Introducción. La Organización Mundial de la Salud (OMS) recomienda la realización de estudios representativos a nivel nacional para estimar la prevalencia de la resistencia pretratamiento del VIH a los antirretrovirales (PDR) para evaluar la efectividad de las terapias de primera línea. El objetivo del presente estudio fue determinar la prevalencia de PDR en adultos cubanos infectados por el VIH-1. Métodos. Se determinó la resistencia del VIH a los antirretrovirales a 610 pacientes cubanos en dos períodos de tiempo (469 pacientes entre 2009-2016 y 141 pacientes durante la encuesta nacional de PDR del VIH-1 efectuada durante el año 2017, según las recomendaciones emitidas por la OMS). Resultados y Discusión. En el período 2009-2016, el 19 % de los pacientes presentaron virus con alguna mutación asociada a la PDR del VIH-1 a los antirretrovirales (10,4 % a algún inhibidor de la transcriptasa inversa análogo de nucleósidos (ITIAN), 12,8 % a algún inhibidor de la transcriptasa inversa no análogo de nucleósidos (ITINAN), 2,8 % a algún inhibidor de proteasa (IP). En el año 2017, la prevalencia de PDR fue de 29,8 % (95 %, IC 22,3-38,1). La prevalencia fue de 10,6 % (95 %, IC 6,07-16,9) para algún ITIAN, 23,4 % (95 %, IC 16,7-31,3) para algún ITINAN y 1,4 % (95 %, IC 0,17-5,03) para algún IP. Se concluyó que los valores por encima del 10 % en la prevalencia de la PDR a los ITINAN evidencia el comprometimiento de la primera línea de terapia antirretroviral empleada en Cuba y la necesidad de buscar nuevas opciones de tratamiento.

ABSTRACT INTRODUCTION Cuba’s HIV epidemic is characterized by high genetic diversity, with circulation of several subtypes and recombinant forms. Earlier studies described a predominance of subtype B in the HIV-positive population, but these studies did not take into account patients’ epidemiologic history. OBJECTIVE Clarify the origin and phylodynamics of HIV-1 subtype B in the Cuban epidemic. METHODS We analysed phylogenetic relationships among 120 sequences (from different geographic origins) of the pol gene in HIV-1 subtype B isolates from Cuban patients diagnosed from 1987 through 2012. Time of HIV-1 subtype B introduction and viral evolutionary rate were determined using a Bayesian coalescent method. RESULTS Based on phylogenetic relationships, subtype B was introduced into Cuba multiple times. Subtype B spread in Cuba through dissemination of strains that probably came from the USA, Canada and Europe. The time of the most recent common ancestor of Cuban subtype B was close to 1977 (95% CI 1974–1982), and the evolutionary rate was 2.7 × 10-3 nucleotide substitutions per site per year. CONCLUSIONS Our results suggest multiple introductions of HIV-1B into Cuba in the late 1970s, predominantly strains from North America and Europe. The results reflect the importance of maintaining, reviewing and updating molecular epidemiology of HIV-1 in Cuba, due to its rapid evolution and possible implications for the National STI/HIV/AIDS Program of Cuba’s Ministry of Public Health.

Introduction: the emergence of resistant virus antiretroviral human immunodeficiency type 1 (HIV-1) is a major cause of treatment failure. Objective: to analyze the mutations associated with antiretroviral resistance and resistance levels in a group of patients with failure criteria to antiretroviral therapy (HAART). Methods: Plasma samples from 25 individuals with failure criteria to HAART were collected out of 157 HIV-1 positive patients attending the Outpatient Infectious Diseases at Hermanos Ameijeiras Hospital during 2012. The viral subtype and resistance mutations were determined; and the time between the beginning of the last therapy and detection of resistant viruses was estimated time. Results: 52 % of patients had only received HAART regimen. Mutations associated with resistance in 84 % of patients were detected. 64 % had to antiretroviral treatment strategy employed as first high resistance in this country. The average time between the beginning of the last therapy and the detection of resistant viruses was 2.3 years. 16 % of patients had susceptible virus. The probability of non-adherence to HAART could be the cause of therapeutic failure in this group. Conclusions: high levels of resistance to first-line HAART used in Cuba and the emergence of resistant variants after starting treatment were evident. These results emphasize the need for monitoring resistance as part of comprehensive care for people living with HIV / AIDS.

Introducción: la emergencia de virus de inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) resistentes a antirretrovirales constituye una de las principales causas de fallo terapéutico. Objetivo: analizar las mutaciones asociadas a resistencia a los antirretrovirales y los niveles de resistencia en un grupo de pacientes con criterios de fallo a la terapia antirretroviral de gran actividad (TARGA) durante el año 2012. Métodos: se colectaron muestras de plasma de 25 individuos con criterios de fallo a la TARGA, de los 157 pacientes positivos al VIH-1 que asistieron a la Consulta Externa de Infectología del Hospital "Hermanos Ameijeiras" durante el año 2012. Se determinó el subtipo viral y las mutaciones asociadas a resistencia y se estimó el tiempo transcurrido entre el inicio de la última terapia y la detección de virus resistente. Resultados: 52 % de los pacientes solamente había recibido un régimen de TARGA. Se detectaron mutaciones asociadas a resistencia en 84 % de los pacientes. El 64 % presentó alta resistencia a los antirretrovirales empleados como primera estrategia terapéutica en el país. El tiempo promedio entre el inicio de la última terapia y la detección de virus resistente fue de 2,3 años. El 16 % de los pacientes presentó virus susceptibles, en este grupo la probabilidad de no adherencia a la TARGA pudo ser la causa del fallo terapéutico. Conclusiones: se evidenciaron altos niveles de resistencia a la primera línea de TARGA empleada en Cuba y la aparición de variantes resistentes después de iniciar el tratamiento. Estos resultados enfatizan la necesidad del monitoreo de la resistencia como parte de la atención integral a las personas que viven con VIH/Sida.

Introduction: the use of antiretroviral therapy has facilitated the slow and partial recovery of the immune system, allowing to reduce opportunistic complications, to increase survival and to improve quality of life in patients infected with human immunodeficiency virus type 1. Objective: to determine rapid evolving viral variants with resistance to antiretroviral drugs in HIV-1 positive patients. Methods: two HIV-1 positive patients were studied. They were appointed by the letters A and B, respectively, and antiretroviral drug resistance were determined at two different times: Moment of diagnosis and 2012. Results were related to clinical variables. Results: at the time of diagnosis Patient A had subtype BG virus with low levels of resistance to zidovudine and stavudine. Patient B had subtype B virus with low levels of resistance to zidovudine. In 2012, the patient A showed FRC18-cpx viral variant with high levels of resistance to lamivudine, emtricitabine, and nevirapine. Patient B remained infected with subtype B virus, but resistant to the reverse transcriptase inhibitors. Conclusions: these results show the dynamic and rapidly evolving variants of HIV-1 infected patients.

Introducción: el empleo de la terapia antirretroviral ha facilitado la recuperación lenta y parcial del sistema inmune, lo que permite reducir las complicaciones oportunistas, incrementar la supervivencia y mejorar la calidad de vida en pacientes infectados por el virus de inmunodeficiencia humana tipo 1. Objetivo: determinar las variantes virales de evolución rápida a la resistencia a drogas antirretrovirales en pacientes positivos a VIH-1. Métodos: se estudiaron 2 pacientes positivos a VIH-1; se nombraron con las letras A y B, respectivamente, y se les determinó la resistencia a drogas antirretrovirales en 2 tiempos diferentes: momento del diagnóstico y 2012. Los resultados se relacionaron con variables clínicas. Resultados: el paciente A, en el momento del diagnóstico, presentó un virus subtipo BG con niveles bajos de resistencia a zidovudina y estavudina y el B, virus subtipo B, con bajos niveles de resistencia a zidovudina. En el año 2012, el paciente A mostró una variante viral FRC18_cpx con altos niveles de resistencia a lamivudina, emtricitabina y nevirapina. El paciente B se mantuvo infectado con un virus subtipo B, pero resistente a los inhibidores de la transcriptasa inversa. Conclusiones: estos resultados muestran la dinámica y rápida evolución de las variantes de VIH-1 en pacientes infectados.

By the classic biological assays it has been possible to determine the use of HIV-1 strains co-receptor, which have been classified in R5, X4 or R5/X4, characteristic related to the NIS or IS phenotype and to the clinical course. By bio-information methods the amino acid changes in the region of V3 loop of the env using the co-receptor. In present paper are showed the results of a characterization study of eleven strains from HIV-1 infected subjects, five seropositive and six with a fast progression to AIDS. Authors compared the results of phenotype study conducted by two classic assays, use of co-receptors and ability to induce syncytia in MT2 and three bio-information methods, rule 11/25, point matrices in specific locations (PSSM) and the geno2pheno program. The five strains from asymptomatic seropositive patients coincided according all methods used as R5/NIS. Five of the six strains from fast progression patients were classified as R5/X4 and IS by biological assays; whereas two were classified as R5/X4 by Geno 2 Pheno, one by PSSM and all were pure X4 by the rule 11/25. The assays used in the study allowed us to characterize the isolated strains and to relate the phenotype to the infection course, thus, we considered that using biological assays or bio-information methods it is possible to conduct characterization studies, its usefulness depends on the pursued objectives.

Mediante ensayos biológicos clásicos se ha podido determinar el uso del correceptor por las cepas de VIH-1, las cuales se han clasificado en R5, X4 o R5/X4, características que guardan relación con el fenotipo NIS o IS y con la evolución clínica. Por métodos bioinformáticos se han relacionado cambios aminoacídicos en la región del lazo V3 del env con el uso del correceptor. En este trabajo se presentan los resultados del estudio de caracterización de once cepas provenientes de individuos infectados con VIH-1, cinco de ellos seropositivos asintomáticos y seis progresores rápidos al SIDA. Se compararon los resultados del estudio fenotípico realizado por dos ensayos biológicos clásicos, uso de correceptores y capacidad de inducir sincicios en MT2 y tres métodos bioinformáticos, regla 11/25, matrices de puntos en posiciones específicas (PSSM) y el programa geno2pheno. Las cinco cepas de seropositivos asintomáticos coincidieron por todos los métodos como R5/NIS. Cinco de las seis cepas de progresores rápidos se clasificaron R5/X4 e IS por los ensayos biológicos; mientras dos clasificaron R5/X4 por Geno 2 Pheno, una por PSSM y todas fueron X4 puras por la regla 11/25. Los ensayos utilizados en el estudio permitieron caracterizar las cepas aisladas y relacionar el fenotipo con la evolución de la infección, por lo que valoramos que por ensayos biológicos o métodos bioinformáticas se pueden hacer estudios de caracterización, su utilidad está en dependencia del objetivo que se persiga.

INTRODUCTION: HIV-1 proviral DNA amplification is the preferential method for HIV diagnosis infection in infants and it has been used in Cuba since 1992. AMPLICOR HIV-1 DNA kit is an in vitro qualitative assay for the detection of HIV-1 proviral DNA in the whole blood. OBJECTIVE: this paper showed the results of the use of this kit for the first time in Cuba for the perinatal diagnosis of HIV-1 infection. METHODS: three hundred forty six whole blood samples from children of HIV seropositive women were analyzed by the AMPLICOR HIV-1 DNA kit in the period 2005-2007. RESULTS: among the tested samples, six were positive, and 340 negative. CONCLUSIONS: the assay was reproducible under the Cuban conditions and the achieved results made the diagnosis and follow up of children of HIV-1 seropositive mothers possible.

INTRODUCCIÓN: la amplificación del ADN proviral del VIH-1, constituye un método preferencial para el diagnóstico perinatal, empleado en Cuba desde 1992. El estuche AMPLICOR HIV-1 DNA es un ensayo cualitativo in vitro para la detección del ADN proviral de VIH-1 en sangre total. OBJETIVO: en el presente trabajo se reportan los resultados del empleo de este estuche por primera vez en Cuba para el diagnóstico perinatal de VIH-1. MÉTODOS: entre 2005 y 2007 se trabajaron mediante el estuche AMPLICOR HIV-1 DNA, 346 muestras de sangre total de niños nacidos de madres seropositivas al VIH-1. RESULTADOS: del total de muestras trabajadas, 6 resultaron positivas y 340 fueron negativas. CONCLUSIONES: el estuche fue reproducible en las condiciones cubanas y los resultados obtenidos permitieron realizar el diagnóstico y seguimiento de niños nacidos de madres seropositivas.

Background: Tropical spastic paraparesis or HTLV-I-associated myelopathy (TSP/HAM) is a chronic neurological disease etiologically linked to human T-cell lymphotropic virus type I (HTLV-I). Objective: to serologically confirm infection by and isolation of HTLV-I from the peripheral blood mononuclear cells from a patient who presented with a clinical picture similar to that of tropical spastic paraparesis. Methods: peripheral blood mononuclear cells were co-cultured for 35 days. Viral detection by membrane- specific immunofluorescence and polymerase chain reaction of genes tax, pol and gag were performed. Results: The presence of antibody to human T cell lymphotropic virus type I in serum was confirmed. Indirect immunofluorescence in the sequential monitoring made it possible to observe an increase of the number of positive cells whereas proviral DNA was detected in the peripheral blood mononuclear cells. Conclusions: these results support the evidence of viral isolation and confirmed, for first time in Cuba, the association between HTLV-I and TSP.

Introducción: la paraparesia espástica tropical o mielopatía asociada a HTLV-I (PET/MAH) es una afección neurológica crónica etiológicamente ligada al virus linfotrópico de células T humano tipo I (HTLV-I). Objetivo: realizar la confirmación serológica de la infección y el aislamiento del virus linfotrópico de células T humano tipo I, a partir de las células mononucleares de sangre periférica, de una paciente con un cuadro clínico compatible con paraparesia espástica tropical. Métodos: las células mononucleares de sangre periférica se cocultivaron durante 35 d. La detección viral se realizó por inmunofluorescencia específica de membrana y reacción en cadena de la polimerasa para los genes tax, pol y gag. Resultados: se confirmó la presencia de anticuerpos contra el virus linfotrópico de células T humano tipo I en el suero. Se observó un incremento del número de células positivas por inmunofluorescencia indirecta en el monitoreo secuencial y se detectó la presencia de ADN proviral en las células mononucleares de sangre periférica. Conclusiones: los resultados evidenciaron el aislamiento del virus y corroboraron, por primera vez en Cuba, la asociación entre el virus linfotrópico de células T humano tipo I y paraparesia espástica tropical.

Legionella pneumophila is an important opportunistic pulmonary pathogen that causes Legionaires´diseases. In the outer membrane of the bacterium, there is a protein with molecular weight of 29 kd(p 29), which is not only an specific antigen of the species but also the major outer membrane protein; it may also be a factor of pathogenecity in the bacterium. The main objective of this paper was the extraction and purification of this protein by treating the outer membrane with chemical agents. A p 29-rich semipurified antigen extract was obtained that can be used as an important antigen for the development of immunodiagnostic techniques in future studies and also for obtaining a monoclonal antibody to be used for the same purpose.

Se trabajó con la Legionella pneumophila, importante patógeno pulmonar oportunista que ocasiona el cuadro clínico conocido como enfermedad de los legionarios. En la membrana externa de la bacteria se encuentra una proteína de peso molecular 29 kD (p 29) que además de constituir un antígeno único de la especie, se reconoce como la proteína principal y más importante de la membrana externa, que puede constituir un factor de patogenicidad de la bacteria. La extracción y purificación de esta proteína mediante el tratamiento de la membrana externa con agentes químicos, fue el objetivo de este trabajo. Se obtuvo un extracto antigénico semipurificado rico en p29, que permitió disponer de este importante antígeno para posteriores estudios en el desarrollo de técnicas para el inmunodiagnóstico, así como para la obtención de un anticuerpo monoclonal con igual propósito.

The first cases diagnoses in Cuba as HTLV-I/II seropositives (human T lymphotropic virus) were studied by polymerase chain reaction aimed at differentiating the type of virus causing the infection. 3 kits of primer oligonucleotides were used and the amplification products were detected by hybridization with specific oligoprobes. 100 % of the cases were HTLV-I positives. No HTLV-II positivity was found. It was confirmed the presence in Cuba of this retrovirus, eventhough the seroprevalence is low if it is taken into consideration that the Caribbean is an endemic zone for HTLV-1.

Se estudiaron por reacción en cadena de la polimerasa los primeros casos diagnosticados en Cuba como seropositivos al HTLV-I/II (virus linfotrópicos de las células T humanas), con el objetivo de diferenciar el tipo de virus causante de la infección. Se utilizaron 3 juegos de oligonucleótidos cebadores y los productos de amplificación fueron detectados mediante hibridación con oligosondas específicas. El 100 % de los casos resultaron positivos para el HTLV-I, no se encontró positividad para el HTLV-II. Se confirmó la presencia en Cuba de este retrovirus, aunque la seroprevalencia es baja si se tiene en cuenta que el Caribe es una zona endémica para el HTLV-I.